第三方面，有些人将圣灵的教义集中在「洁净」(purifying)和「净化」(purgation)之上，换句话说，就是神洁净他的儿女，使他们脱离罪的污染和败坏，帮助他们抵挡试探，行正义的事。对于这些人来说，圣灵在我们逐渐成圣的过程中，使我们趋向完全，帮助治死我们里面的罪(罗八14；另参看西三5)，并改变我们，叫我们「荣上加荣......」(林后三18)。对他们来说，问题的核心并非经历圣灵的能力，也不在乎基督徒对外的表现，反而是我们内心的争战，在追求圣洁的过程中如何对抗罪恶，寻求圣灵的帮助，保守我们纯洁，不受玷污。
这些人所强调的观点，本身也是完全合乎圣经的。未曾重生的人，实际上如保罗所说，「......都在罪恶之下......」(罗三9)；另一方面，罪仍然「住」在那些重生了的人里面(罗七20、23；另参看来一二1；约壹一8)。罪在本质上就是一种叛逆神的非理性能量--一种傲慢、任性的习惯，在道德及属灵上形形色色的自我中心表现。无论罪以任何形式出现，都惹神憎厌(赛六一8；耶四四4；箴六16-19)，也使我们在神的眼里成为不洁之民。所以，从圣经来看，罪不单需要被赦免，而且需要被洁净。
同样地，以赛亚盼望有一天「主以公义的灵和焚烧的灵，将锡安女子的污秽洗去」(赛四4；另参看要求人洗濯、自洁的经文：赛一16；耶四14)。以西结复述神的话：「我必用清水洒在你们身上，你们就洁净了。我要洁净你们，使你们脱离一切的污秽，弃掉一切的偶像。」(结三六25)撒迦利亚预告：「那日，必给大卫家和耶路撒冷的居民，开一个泉源，洗除罪恶与污秽。」(亚一三1)玛拉基发出警告说：神「如炼金之人的火，如漂布之人的碱。他必坐下如炼净银子的，必洁净利未人，熬炼他们像金银一样......」(玛三2、3；另参看赛一25；亚一三9)这些经文指出犯罪行为使我们在神面前成为污秽；罪恶叫神讨厌和反感，一如当我们发现本该是洁净的地方变成污秽时，我们自己也表示讨厌和反感；但在神恩慈的圣洁里，这一切都解决了，他不单赦免我们的罪，而且帮助我们不再犯罪。
在旧约圣经里，所有洁净的律例及洁净的礼仪都指向这种神圣的洁净工作。同样，在新约圣经所有有关救赎的经文里，都把救恩形容为被洗净和被洁净(约一三10，一五3；徒二二16；林前六11；弗五25-27；来九13、14，一〇22；约壹一7-9)，又指出基督徒生命中最重要的事情，就是洁净自己，除去一切使自己在神眼中看为污秽的东西(林后七1；弗五3-5；提后二20-22；约壹三3)。所以，基督徒的洗礼尤其反映这些意义，洗礼事实上不折不扣地象征了洁净。
圣灵使基督徒醒觉到自己的罪污，并为此感到羞惭，又激励我们去「......洁净自己，除去身体、灵魂一切的污秽，敬畏神，得以成圣。」(林后七1)当我们突出圣灵这方面的工作时，正好显明了圣经一个重点，而在我们这个颓废的世代里，一切道德标准不受重视，羞耻之心被视作等闲，这重点实在需要大大的强调。
同时，基督徒在现世对纯洁生命的追求，意味着他们长远下去一种自觉的矛盾和挣扎，并常会感到成绩未达理想；这方面的着重也是相当正确的，「因为情欲和圣灵相争，圣灵和情欲相争，这两个是彼此相敌，使你们不能作所愿意作的。」(加五17)
无论我们是否接受罗马书七章十四至二十五节作为剖析基督徒经验的一个横切面，用以直接阐明上述要点(有些人赞成，有些人不赞成；我们稍后会再作讨论)，但毫无疑问，保罗在加拉太书正告诉我们基督徒生命里的实际挣扎。他要我们知道，每个基督徒的生命里，都存在着两种敌对的欲望；这两种力量在动机的层次上彼此为敌。有些欲望表现出人性堕落后一种悖逆神、自私自利的天性；有些欲望表现出由重生而来的超自然、荣耀神和爱神的动机。由于基督徒内心有这两种敌对的催迫动力，当其中一股动力把他拉向前时，另一股动力便把他拉向后；因此，纵然他恒常的目标是完完全全地服事神，如一首圣诗所说，存着「忠诚专一的心」，他还是发觉他的心灵从未完全纯洁无瑕，他所作的事，也并非绝对正确无误。就这样，他时时刻刻不能作他所愿作的。他在生活中认识到他所作的一切其实可以并且应该做得更好：不单只在他被自己的骄傲、软弱、愚昧出卖了时如此，他努力尝试行善为义的时候也是如此。在每一次尝试之后，在每一个行动之后，他往往看见他在动机上、在表现上，都有许多可以改善之处。他当其时感到已尽所能做到最好的事情，事后回顾都会发现并非做得最好。就这样，他穷一生之力追求完美，却又发现他所追求的永远不能在他掌握之内。
当然，这不是说他永不会达到任何程度的义，保罗并非预料基督徒生命是经常完全失败的，反而，他期望这是不断的道德成长。「......当顺着圣灵而行，就不放纵肉体的情欲了。」这是加拉太书五章十六节对信徒的直接要求，第十七节只不过是这要求的注脚而已。明显地，保罗在这里及其它经文教导有关基督徒品行时，他每每期望信徒努力向前，养成圣洁的习惯，积极操练自己，学像基督。
保罗说，基督徒既然从罪的奴役中释放出来，他就可「按着心灵的新样」(罗七6)，实践爱和公义；凡他现在能实践的，他都必须去实践，因为这圣洁的生活是神的旨意(加五13、14；罗六17至七6；帖前四1-8)。基督徒能够且必须藉着圣灵治死他们的罪(罗八13)；他也能够且必须活在圣灵里，走在属神和善行的道路上(罗八4；加五16、25)。意思是说，一些他从前爱做的事，或一般未信主的人爱做的事，他如今放弃不作，而且，他开始选择作另一些事情。现在，他要追随自己心灵里(即在他的意识里)所感受到属于圣灵的意愿，而不陷溺在肉体的情欲中。基督徒生命必须是公义的生命，这正是他悔改和重生的自然流露，也是基本的要求。
谈到保罗在第十七节所说的话，我只想发挥这唯一的重点：活在圣灵中的基督徒，会不断发现他的生命尚未达致本来应有的美善；他经常要面对重重障碍和限制，以及自己扭曲的天性背道而驰的拉扯，他正在打一场前所未有的硬仗；同时，即使是他最好的行为，也不免犯上动机上的罪；他亦发现他每日的生活充满污点，他必须每时每刻仰赖神在基督里的赦罪恩典，否则他就会在罪中失丧；同时，他也认识到自己心灵的软弱和善变，需要经常求告圣灵赐给他力量，使他在这场内在的斗争中能坚持到底。「你确实不能实践你心想望的那种圣洁生活。」对保罗来说，这句话明显地道出了人追求圣洁的一些真相。谁可以说他是错误的呢？
的确，自从革利免(Clement)和俄利根(Origen)提出清除情欲、净化灵魂的教导，早期教父记述他们如何顽抗醇酒美人、夜夜笙歌的幻想，以及奥古斯丁用自身的经历去刻画罪和恩典的本质以来，信徒不可避免地要与试探对抗的主题就成为基督教灵修教导中一个固定的着重点。马丁·路德和加尔文对这方面有很多阐释，路德宗和加尔文派的信徒，尤其是加尔文派，都紧紧追随他们的脚踪。许多世纪以来，不少人曾一次又一次地对这个重点的真确性、现实性和健全性提出质疑与辩论，到如今，已经再没有什么见解能认真地挑战上述重点了。藉着神的恩典，人的生命逐渐被洗涤和洁净，因此，强调人生挣扎的真实性，是完全合乎圣经和十分恰当的。