1．查理五世致力铲除改教运动
为了了解复原教与天主教之间的艰苦奋斗，我们必须先复习一些历史：皇帝查理五世是个寡言的人，每次开口必先经过深思；但是有一次，也许在他一生中仅此一次，他直接说出了心中的话。那是发生在沃木斯国会中，当路德公然蔑视教皇与皇帝时，他起誓说：「我要以王位和生命作赌注，全力铲除异端。」他果然一生守住他的誓言。
皇帝颁布了沃木斯诏谕，下令逮捕及处死路德。若不是智者腓勒德力的保护，路德早已像许多被判为异端的人一样，烧死在火刑柱上。
沃木斯国会后的短期间，改教运动还只是个幼小的树苗，若不是当时皇帝被其它事情缠扰，他可以将它连根拔起。但是，那时他必须与法国交战；后来又要为自己的国家抵御土耳其人。
打败所有敌国之后，他终于有时间可以关注德国的路德派信徒。公元1546年，路德死后，查理便将他的攻击对准复原教徒。然而从沃木斯国会到这时，已经过了廿五年，改教运动已有足够时间发展；这棵小树苗已经长成大树，需要强大的力量。挥动巨斧，才能将它砍倒。最初，皇帝赢得数度胜利，使改教运动的前途黯淡无光，甚至连路德发动改教的威登堡城也被查理占领。
正当查理皇帝开始要对路德派作进一步攻击时，他自己又遭到一次不幸的突变：撒克逊的摩里斯(Maurice)原是皇帝最强支持者之一，却突然背叛他。摩里斯本可将皇帝捉拿下监，却放他脱逃。有人问起原因时，摩里斯回答说：「我没有一个够好的笼子，可以关这样一只精致的小鸟。」
公元1555年，皇帝发现自己处于困境，被迫与路德派签订「奥斯堡和约」(Peace of Augsburg)。根据这项和约，德国境内每个王侯，有权在复原教及天主教之间选择自己的宗教，在他领土辖区内的人民，则全体接受王侯所选择的宗教。
2．改教运动停顿
有一段时期，改教运动所向披靡，因为有路德狂暴的前锋冲刺，加上慈运理、加尔文及许多改教者的援助；而另一方面，罗马教会继续腐化、教皇处事不慎，以致使这个巨大而古老的建筑物，从根基开始摇动，甚至到一个阶段，几乎全幢倒塌。然而，突然间，改教运动停顿了下来。有几个原因使然：
第一个原因是：公元1525年路德在农民之战中所采的立场。德国农民多年受到贵族与高级圣职人员的压迫，因此，他们以「神的公义」为名，愤然起义。路德起先同情他们，认为他们有权抗议。但后来，当狂热份子起来领导时，便肆行杀戮、破坏，路德就转而反对他们，鼓励政府用铁腕镇压。这一来，下层社会份子便远离路德和改教运动，使改教运动从此局限于德国的中产阶级与高阶层社会人士中。
第二个原因是：重洗派的影响。早期重洗派多属狂热份子，他们反对天主教的行动远超过路德或加尔文，他们不但声言要摧毁教会制度，也说要摧毁政治和社会制度。罗马教会立刻抓住这一点而宣告说：「改教运动的教义会破坏一切制度和权威，不仅在教会中，也在国家和社会中。」这种说法，使许多上层社会份子留在罗马教会中。
第三个原因是：复原派本身的分裂，再度为罗马教会制造良机。因为要在路德、慈运理和加尔文之间作选择，必须经过许多思考和透彻的研究。罗马教会说服这些懒惰、不关心、不会思考的人留在罗马教会中，让教会替他们思考。
第四个原因是：「因信称义」教义的错误应用。许多人认为「因信称义］就是不必行善。这样的误用使道德低落到比罗马教会时期更差。也有许多人将「基督徒的自由」变成放肆，他们以为既然不是靠行善得救，就不必过良善的生活。罗马教会的人，就用这点反驳路德的教义。这个可悲的发展，对路德本人而言，是个痛苦的打击。
路德这边的局面，使加尔文在日内瓦更坚定实行严格的教会惩治。一方面防范德国的情形在日内瓦重演，一方面堵住反对改教者的指责。
第五个原因是：复原教徒之间的隔离。法国、荷兰、苏格兰的复原教徒，虽在教义上一致(均采加尔文信条)，却在地理上隔离。路德派与加尔文派因教义不同而隔离。奥期堡和约又将德国的路德派信徒因政治不同而分开。
3．天主教主义复兴
罗马教会本身的改革与复兴，使这个教会再度站起来，而且奋力向前。这是改教运动减速的最大原因。这一次它预备了三样有力的武器：禁书目录(Index)、西班牙异教裁判所(the Spanish Inquisition)、及耶稣会(Order of Jesuits)。耶稣会是西班牙人罗耀拉(Ignatius Loyo1a)组成的。这时，「复原教主义」已因内部分裂而衰弱，它所面对的是从改教震憾中复元的、合一的「天主教主义」。
天特会议在许多成就之外，还编写了一份禁书的书单，这份书单称为「禁书目录」。目的在防止天主教徒阅读天主教会认为错误或有害的书籍。当改教初期，路德和加尔文的著作，可以自由在全国广传阅读。现在天主教把复原派著作列入禁书目录，使复原派看法的传布，大大缩减。
「异教裁判所」又叫最高宗教法庭(Ho1y Office)，专司侦察及刑罚那些信仰不合天主教教义的人。异教裁判所所长就是最高裁判官，他直接向教皇负责。在他下面有许多调查员、公证人及法律顾问，同时也有许多仆人和狱卒。异教裁判所很快便扑灭了复原教主义在义大利及西班牙的微弱火花，凡加入改教运动的人，即刻下监、被杀或被逐。
罗耀拉是一个西班牙军人，他在公元1521年的一场战役中负伤；疗伤期间，有人将一本「圣徒言行录」给他读，读完该书后，他便决定放弃军旅生涯，成为基督耶稣的跟随者。他在朝拜圣地巴勒斯坦后，便于公元1528年进入巴黎大学，为成为神甫，进修神学。
在巴黎大学，他认识了方济沙勿略(Francis Xavier)，他们两人在公元1534年组织了耶稣会，宗旨在领人归回天主教。由于耶稣会的努力工作，使波兰、奥国及德国南部恢复了天主教。也使巴伐利亚、比利时及爱尔兰保留在天主教范围内。耶稣会也在北美及南美洲做了许多宣教工作。
天主教的「反改教运动」，广义而言，是指阻止改教运动及恢复天主教失土的各种措施；狭义而言，是指天主教本身的改革与复兴。
现在罗马天主教已经预备好，要得回他们所丧失之地。奥斯堡和约只保护德国的路德派复原教徒，并未包括法国、荷兰的加两文派复原教徒。因此，这些人必须面对天主教强烈的攻击。而这时，他们伟大的领袖加尔文又已经去世了。
4．预格诺派为生存奋斗（公元1562－1629年）
法国和德国一样，也分成天主教和复原教。预格诺派复原教徒组织成坚强的团体，他们是一批成功的、有才智的人，其中有不少贵族，只是他们在社会上是一个小团体。
天主教与复原教徒都想控制政府，年轻的法王查理九世和他的摄政母亲迦他林，有时亲天主教，有时亲复原教。公元1562年，这两个宗教团体爆发内战，在预格诺派勇敢抵御下，获得不少胜利。
公元1570年中，有一段短暂的和平，政府给预格诺派几座城，使他们可以自由保卫自己。预格诺派领袖科利尼(Coligny)曾经担任查理和他母亲的总理；这时一位复原教徒波邦的亨利(Henry of Bourbon)即将与查理的姊妹玛格丽特结婚，照情势看来，这位亨利很可能成为法国国王。天主教极端派立刻去警告迦他林说：预格诺派阴谋夺取王位。迦他林遂说服年幼无知的国王，策动一次狡诈的集体屠杀阴谋。
所有预格诺派的领导人物均被邀，前往巴黎参加亨利与玛格丽特的婚礼。公元1572年八月廿四日正是圣巴多罗买日(Saint Bartho1omew's Day)，巴黎城所有的钟都敲响了，其实这是大屠杀开始的暗号；三天三夜之久，大屠杀不断进行着，单单巴黎城就有不止二千个复原教徒被杀；后来大屠杀扩展到其它城市，以致全法国超过一万人被杀。第一个遇害的是预格诺领袖科利尼；波邦的亨利总算逃脱；这件事成为历史上最污秽的罪行之一。
圣巴多罗买日不但没有将内战结束，反而为内战带来新的冲力，双方的斗争一直延续到查理的下一任国王亨利三世时代，而且变成「三个亨利」之间的「三角冲突」，这三个亨利是：天主教领袖——吉斯的亨利(Henry of Guise)，复原教领袖——波邦的亨利，及采中庸路线的国王——亨利三世。
国王亨利三世下令谋杀了吉斯的亨利后，他自己也因敌手的报复而被刺身亡。因此，到公元1589年时，剩下来的波邦的亨利便可以名正言顺地继承王位。由于大部份国民是天主教徒，无法容忍复原教国王的统治，亨利便于公元1593年宣布自己是天主教徒，并于公元1594年，凯旋地进入巴黎，成为国王亨利四世。
虽然不再是复原教徒，亨利还是没有忘记他旧日的同道；便于公元1598年颁布了南特诏论(Edict of Nantes)，宣布赋予预格诺派信徒公民权并准许他们自由举行家庭崇拜及公共崇拜。公元1610年，亨利四世遭刺去世，法国再度进入战争状况，许多法国人民逃到其它国家及新大陆避难。
公元1629年，复原派在法国最后一个据点拉罗雪尔城(La Rochel1e)失落，预格诺派在法国的政治力量也告崩溃；但是他们仍以一个复原教团体的形态，继续存在。
5．荷兰的复原教徒（公元1568－1609年）
义大利、西班牙、法国、英国、苏格兰各地的复原教徒都被加上异端罪名而遭火焚处死；然而却没有一个国家像荷兰一样，有这么多人为了信仰而殉道。
德皇查理五世身兼西班牙与荷兰的国王，在他与他儿子西班牙王腓力二世(Philip II)的治下，荷兰有一万八千多信徒成为西班牙异教裁判所的牺牲者。为了逼这些人承认自己是异端，无论男女，均施以惨无人道的折磨，然后将男人烧死，把女人淹死或活埋。
西班牙王腓力二世的暴政到令人无法忍受的地步；当日的西班牙是全欧最强的国家，而荷兰只是一个小国。公元1568年，荷兰人在一位伟大的改教运动英雄领导下，起来背叛西班牙，这位领袖人物是橙县王侯沉默者威廉(Wi11iam the Si1ent)。荷兰的加尔文派信徒成为全世界复原教主义的最佳斗士，这些荷兰人在漫长的黑暗的日子中奋战不辍。可惜于公元1584年，沉默者威廉也成了刺杀者枪弹下的牺牲品。
英国伊莉沙白女王对复原派友善，为这些荷兰人提供大量军援，以致天主教徒多次策划要暗杀她，都没有成功。
这时，西班牙的腓力国王开始了一项堂皇的计划：他建立一支庞大的舰队，号称「无敌舰队」(Invincib1e Armada)；计划先以这支舰队进攻英国，把英国征服后，便可轻易地平定荷兰的叛乱。然而，英国在荷兰的帮助下，却击败了西班牙无敌舰队。这支自以为傲的舰队只有一小部份回到西班牙，剩下的残骸在苏格兰及爱尔兰岸边可怜地遭风暴摧残。
西班牙的威力受到强大的打击后，荷兰人在威廉的儿子摩里斯王侯(Prince Maurice)领导下，继续与西班牙交战。直到公元1609年，西班牙终于承认荷兰北部独立，建立荷兰共和国。
6．德国的三十年战争
自从公元1555年奥斯堡和约签订后，德国享受了相当长的太平时间。但是到了公元1618年，奥斯堡和约被毁，致使复原教徒的奋斗，看起来好象绝望。在这危急关头，兴起了另一位伟大的改教英雄——瑞典国王亚道夫(Gustavus Ado1phus)，他起来为拯救复原原教主义而战。经过三十年凶残的交战，直到公元1648年，战争才因为韦斯发里亚和约(Peace of Westphalia)而结束，这项和约与奥斯堡和约相似，只是加上一点：在德国对复原教徒的宗教容忍，除了路德派也包括加尔文派。和前一次和约一样，由每个封侯决定自己辖境内的宗教。这真是一次毁灭性的战争，单单德国，经过三十年战争后，人口就由一千五百万人减到五百万人。
7．双方界限确定
从过去历史中，我们看到：自公元1520－1562年间，改教运动经历无数流血事迹。自公元1562－1648年间，复原教徒为自己的生存而奋斗。这期间，从公元1562－1618年间，主要是加尔文派信徒与天主教之间的斗争，其间经历无数感人的殉道事迹；从公元1618－1648年间，路德派信徒也被迫投入战场。这些年日中，德国、丹麦、瑞典的路德派信徒与荷兰的加尔文派信徒都为了维护复原教而战。
公元1648年，韦斯发里亚和约签署后，结束了复原教与天主教之间的争战。罗马教会与复原派教会的地理界限也得以确定。从那时起，直到今天，这个界限没有太大变迁。
这期间，很少有东方教会的消息；只知道在小亚细亚及巴尔干半岛的希腊教会受到土耳其人的重大逼迫，而且他们在逼迫中，英勇坚持；历经数世纪之久，仍然存在于巴尔干国家中。虽然希腊东正教会在它的发源地受逼迫，却在俄罗斯境内稳定地发展，几乎成为全苏人民的信仰。
研讨问题：