1．英国的改教运动是漫长的
前文已经看到英国教会的独特之处，其特点之一是：英国的改教运动，政治性超过宗教性；强调组织超过强调教义。
另一个特点是：其它国家改教运动多少已进入定局之时，英国仍然处于动荡和改变的阶段，主要是因为加尔文的影响强烈地临到英国教会，而这影响来到英国比到法国、荷兰、苏格兰等地都晚了很久。
2．加尔文的影响
公元1563年的伊莉沙白决议案，并未解决英国的教会问题。当血腥玛利逼迫时，许多复原教徒逃到日内瓦归附了加尔文，公元1558年，伊莉沙白继玛利人后，登位为英国女王，这批信徒便怀着满腔热情、带着加尔文观念回到英国，因此，几乎在伊莉沙白统治一开始，就听列无数鼓吹彻底改教的呼声。公元1563年的决议案根本不能满足他们，因为他们所期望的是看到英国教会被彻底洁净；因此，这批人就被称为「清教徒」(Puritans)。
3．清教徒渴望改革
英国教会清教徒渴望看到每个教会都有热心的、属灵的、善讲道的牧师；他们要求废除当日流行的牧师礼袍、跪着顶圣餐的方式、婚礼中的戒指仪式以及洗礼时划十字的记号。
清教徒认为牧师礼袍使圣职人员成为特殊阶级，无形中联想到天主教祭司的权威。跪着领圣餐的方式，令人联想到天主教的化质说，敬拜临在圣餐的基督身体。婚礼中的戒指仪式则代表天主教以婚礼为七圣礼之一的看法。对清教徒而言，洗礼时划十字的记号，纯属天主教的迷信。因此，他们迫切希望教会把这些「天主教的旧酵」(old 1eaven of Catholicism)都扫除干净。
不久，他们又进一步要求在每一个教会中选出长老来，负起教会惩治的工作。他们也盼望废除主教制，由百姓选出他们自己的牧师，而且所有牧师地位平等。这项要求，是要使教会行政制度由主教制变成长老制。
清教徒运动的领导人物是卡特赖特(Thomas Cartwright)，他是剑桥大学的神学教授。早期反清教徒的首脑人物是惠特吉夫(John Whitgifi)，在他的阴谋下，卡特赖特被撤职；此后，卡特赖特便过着流浪与受逼迫的日子，但他仍继续为长老派清教徒主义(Presbyterian Puritanism)不遗余力地劳苦工作。
虽然清教徒反对英国教会的主教制及许多仪式、条文，但他们绝不脱离教会；他们仍愿留在教会中，从内部加以改革，以便照加尔文日内瓦教会的模式，塑造英国教会。
4．分离派脱离英国教会
分离派信徒认为，从内部改革英国教会的工作，不是绝望就是一项冗长乏味的事工。因此，他们决定脱离英国教会，故被称为「分离派」(Separatists)或「不同意者」(Dissenters)。在教会行政制度方面，他们强调每一个教会都是独立自主的，没有一个教会可以干涉另一个教会。因此，他们又称为「公理派」(Congregationalists)或「独立派」(Independentists)。
留在英国教会及脱离英国教会的人，都接受加尔文信仰。
公元1620年在美国普里茅斯(P1ymouth)建立殖民地的，就是分离派信徒，他们也叫「天路客」(Pi1grims)。几年后，建立麻萨诸塞湾殖民地(Massachusetts Bay Colony)的，则为一批清教徒(Puritans)。
5．清教徒获得优势
伊莉沙白死后四十年内，清教徒都在受压及逼迫之下。直到公元1640年的「长期国会」(Long Parliament)，长老派清教徒才占大多数。他们立刻肃清议会，将两位最反对清教徒的人物：斯特拉福伯爵(the Ear1 of Sirafford)与大主教络得(Archbishop Laud)送去审问、定罪及斩头。
国王查理对这些事甚表不悦；他决定将国会中反对党五位领袖加上叛国罪名，但是下议院拒绝交人。
于是国王决定动用武力，使国会屈服。他离开伦敦，前往诺丁安(Nottingham)发动战争，使英国陷入内战之中。
在国王这边的是贵族与士绅；由于他们的英勇与骑术被称为「保王党」(Cavaliers)。在国会这边的是店员、农夫及小部份高阶层份子。保王党都有飘长的髻发，而对敌的一方却留着短发、显出头形，因此被讥为「圆头」(Roundheads)。
战争初期，国王这边占优势。在国会军队中，有一位农夫，名叫克伦威尔(Oliver Cromwell)，他以睿智的眼光，看出真正的难处，他对一位清教徒国会议员汉普登(Hampden)说：「一批穷酒保和学徒，绝不能打倒贵族。」
克伦威尔是历史上伟人之一。身为骑兵团团长，他表现出高度才干与勇气。他的军团成为出名的「克伦威尔军团」，所向无敌。全体团员都有宗教信仰，他们不起誓、不喝酒、唱着诗、迈向战场。
一个二万一千人的军队按照「克伦威尔军团」的方式组织了起来。这是一个充满宗教热诚的团体，是十字军以来没有见过的现象。这支军队中，大部份军人是敬畏神、心中火热、吟唱圣诗的清教徒。没有战事的时候，他们就在一起读经、祷告、唱诗。
纳斯比之役(Battle of Naseby)中，保王党像风前的糠批溃散，国王被迫投降，审讯之后，国王被判为暴君、卖国贼、谋杀者及公敌，必须处以死刑。公元1649年一月卅日，查理一世走上了伦敦皇宫前的断头台，当时有极多群众在场目睹国王的死刑。
6．威斯敏斯特会议（The Westminster Assemb1y）
在战争进行中，国会决定改革教会，于公元1643年废除主教制，并在威斯敏斯特召开会议，以制订信条及教会行政制度。大会有一百二十一位教牧代表及三十位信徒代表参加，其中除公理派与圣公宗外，大部份是长老派清教徒。由于苏格兰人在战争时给过帮助，所以也将一些席位给苏格兰代表；虽然他们没有投票权，但在会中有相当大的影响力。
威斯敏斯特会议成为英国教会史中一次划时代的会议。会中制订了「崇拜指南」(Directory of Worship)以取代过去的「公祷书］。这本「崇拜指南］至今仍被长老派及公理派教会所采用。会中也订立了有名的「威斯敏斯特信条」(Wotminster Confession)，这是改教运动时期，复原教主义最后一份伟大的信经。此外，也为讲道解经预备了「大本信仰问答」(Larger Catechism)；并为教导儿童预备了「小本信仰问答」(Shorter Catechism)。
此次会议非常成功；威斯敏斯特信条及两本信仰问答，都是加尔文派或改革宗教义的最佳文件。
公元1648年，国会通过接受这些文件，只将威斯敏斯特信条作了些许修订。这份信条也在苏格兰全国大会中通过采纳。加尔文派在英国教会所做的改教运动，至此可以说是大功告成。同一年，欧洲大陆的三十年战争，也因韦斯发里亚和约的签订而告结束。
7．清教徒统治结束
纳斯比全胜、和查理一世去世后，军队地位变成了至高无上。大部份军人属于独立派，克伦威尔本人则倾向公理派。国会宣告英国教会的行政体系采长老派，但因受到军队的压力，要使全英国纳入长老派是不可能的。
从公元1649到1653年间，英国是一个共和政体，克伦威尔被任命为摄政，因此，实际上是军人专制。在克伦威尔治下，各宗教团体都得到相当多的自由，尤其是「不从国教者」(Nonconformists)和「不同意者」(Dissenters)。甚至连最令人讨厌的贵格派信徒(Quakers)，克伦威尔也对他们友善。自从内战以来，大约有二千个主教制下的圣职人员，失去他们赖以维生的职业，过着贫困的日子。
8．王权复兴时代
公元1658年九月三日，克伦威尔去世，由他的儿子理查(Richard)继承父亲的遗缺。英国人民普遍对严厉的清教徒主义所施的重轭感到不满；于是从国外将查理一世的儿子请回英国，并加冕为为查理二世。这次司都亚王朝(House of Stuart)重得王权，在历史上称为「公元1660年复辟」(Restoration of 1660)。
复辟后国会做的第一件事是，宽赦所有在内战时与查理一世交战的人，但最高司法院的委员们除外，因为他们将查理一世送上断头台。
公元1662年五月，国会(现在是强烈的安立甘派)通过一项新的「教会统一条例］，将「崇拜指南」(或称公祷书)修改了六百处之多，目的在脱离清教徒主义；并且宣告不许使用修订本以外的任何崇拜仪式。约有二千名长老派教牧人员，因拒绝接受而被免职，过着穷苦的生活。
苏格兰国会在逼迫信徒上，可与英国逼迫不同意者的方式媲美。苏格兰复原教徒称为「立约派」(Covenanters)，他们像鹿一样被人到处追赶，甚至那些躲在山洞里秘密聚会的信徒，也被拉出来淹死。
在英国为信仰受苦的大批圣徒中，有一位可怜的思想家，名叫本仁约翰(John Bunyan)。
另一位清教徒，名叫弥尔顿(John Mi1ton)；出生贵族世家、受过高等教育、并具罕有才华；他在眼睛、孤单、贫苦中，写下了伟大的基督教史诗「失乐园」(Paradise Lost)。
逼迫的结果，使清教徒不得不脱离英国教会。过去他们曾希望留在教会中，从内部改革教会，现在他们被迫采取分离派的立场，他们也成了「不同意者」。
查理二世的一生都摇摆在不信和迷信天主教之间。公元1685年，在临终前，他接受了罗马天主教信仰。他的兄弟詹姆士二世(James II)继任国王，是个热诚的天主教徒，一心要在英国恢复天主教。于是他与废除「南特诏谕」的法王路易十四(Louis XIV)自由崇拜：(1)发誓效忠威廉与玛利。(2)拒绝教皇权柄、化质说、弥撒、向马利亚和圣徒祷告。(3)接受「三十九信条」。这样便使复原教不同意者的各宗派，可以在英国有自由而且得以公开。这些不同意者包括：长老派、公理派、浸礼派和贵格派，人数加起来约为当时英国总人口的十分之一。
这项「信仰容忍法案」并不应用在罗马天主教徒和不信三位一体教义的人身上。
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