1．统一的因素
除了政治和经济因素使殖民地的人联合起来对抗英国，还有两个重要的宗教因素。
「大觉醒」以后，殖民者第一次经历到全民普遍对宗教的感受；在华盛顿与富兰克林尚未成为全民的「政治象征」以前，怀特腓德、爱德华滋、滕能特等人的名字早已成为所有殖民者关注的对象。
另一个使殖民者统一的宗教因素是：他们都对英国国家教会指派主教来殖民地的事深表不满，认为是一种长期的搅扰。许多圣公会的信徒大为反对，认为这是破坏政治和宗教自由。公元1766年，新英格兰公理派及中部长老派在年会中联合起来，一致阻止主教制在美洲设立。
2．独立战争
独立战争爆发时，新英格兰殖民区大部份教牧人员及圣公会信徒仍然忠于英国；南部各殖民区都站在美国这边；中部殖民区则一边一半。签署独立宣言的人中，有三分之二是圣公会信徒。当时教牧人员的处境甚是尴尬，因为他们被按立时都发过誓要效忠教会的元首——英国国王。
出现在美洲不太久的循道派信徒立场也十分为难，因为约翰卫斯理站在英国这边，以致美国的爱国份子以怀疑的眼光看这些循道派信徒。但是循道派却自公元1775至1780年由四千人增长至一万三千人。
贵格派与莫拉维弟兄会虽然反战，但在他们原则的许可范围内，还是尽量支持独立。
除了少数例外，其它教会牧师几乎全体支持独立战争。长老教会的杰出领袖维特斯普恩牧师(John Witherspoon)被选为大陆国会代表，也是独立宣言签署人中唯一的牧师。有很多牧师以反抗英国及争取独立为神圣使命。也有很多牧师加入军队，作随军牧师。
3．废除州立教会
所谓州立教会，是指被州政府所认可的教会，所有百姓照理都属于州立教会。早期在麻州，凡不加入州立公理派教会的人都被驱逐出境；浸礼派及贵格派信徒常遭驱逐。在所有圣公宗为州立教会的殖民区中，由于政府的干预，拦阻了其它教会的发展。
只有州立教会的牧师可以施行宗教仪式；所有殖民地的居民，不管是不是属于教会，都需付税支持州立教会。
殖民地时代的末期与建国时代的初期，在美洲一共有两种州立教会(或法定教会)：公理派教会是麻萨诸塞州、新罕布什尔州与康涅狄克州的州立教会；圣公宗教会是纽约州、马利兰州、维吉尼亚州、北卡罗莱纳州、南卡罗莱纳州及乔治亚州的州立教会；因此，在十三州里，九个州有州立教会。
其它教会当然反对州立教会，信义宗、改革宗、长老派都认为他们应当成为州立教会；只有浸礼派根本不盼望有州立教会，因为浸礼派的信仰是主张政教分开的；贵格派也采这种看法，这就是为什么罗得岛州、新泽西州、得拉瓦州与宾夕法尼亚州没有州立教会的原因，因为在这几州里，浸礼派与贵格派信徒占多数。
浸礼派在其它不同意之教会的支持下，起来领导「取消州立教会」运动。不用说，那些被政府认可的教会不愿放弃他们的利益和特权。
然而，在独立战争初期，纽约州、马利兰州及最南方各州很快便取消了「州立教会」制度。但在维吉尼亚州则需经过长期而艰苦的奋斗，一直到公元1786年才完成。这个运动传遍全国，终于这项「取消州立教会」的条例被列入宪法第一条修正案，成为美国基本法律的一部份。
4．切断欧洲关系
有些教会与欧洲教会没有任何关系，包括浸礼派、长老派及贵格派，因此他们很快便在美洲成立了全国性的组织。唯有人数最多的公理派，拒绝组织全国性联会，以致他们在教会发展上受到拦阻。
而圣公宗、天主教、循道派及改革宗教会则在欧洲的控制之下。这时期的循道派仍隶属于英国教会，而且除了正式按立的人，没有人可以讲道及主持圣礼。卫斯理以教会长老的身份，认为自己也有权施行按立，便在两位牧师的助理下，按立了科克(Thomas Coke)，使他成为美国循道派教会的监督。
在公元1784年的一次大会中，科克和亚斯布里均被选为监督，在会中又按立了几个人，并通过采用统一的信条及礼拜仪式；这信条纯属亚米纽斯主义，内容主要是由约翰卫斯理拟定的。
美国立国之初，圣公宗教会相当软弱，隶属于英国教会。过不久，许多文章和会议开始呼吁要有一个独立的组织。公元1783年的一次非正式会议中，十位圣公宗的圣职人员推选西伯立(Samuel Seabury Jr.)前往英国，接受按立；结果他在英国被拒，只得前往苏格兰，在那儿被按立为主教。接下来，公元1785年举行了一次大会，订立了「美国圣公宗章程」(the Constitution of Protestant Episcopal Church in the United States)。
改革宗教会在独立战争后不久即切断了和阿姆斯特丹监督会之间的关系：德国改革宗教会改名为「美国改革宗教会」(The Reformed Church in the United States)；荷兰改革宗教会改名为「美洲改革宗教会」(The Reformed Church in America)。
至于罗马天主教则一直在伦敦教区代理(the vicar apostolic)的管理之下。公元1784年，教皇派卡洛尔(John Carroll)赴美，管理美国的天主教会。公元1789年，他被立为主教，并以巴尔的摩(Baltimore)为天主教在美国的第一个教区。
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