有三类经文似乎与因信称义的教义不符。第一类经文教训称，神将要按照人在世上的行为审判他。 第二类经文论到神必要报答人的善行。第三类经文是关于雅各书中称义和善行之关系的教训。
①按行为审判。
罗二: 6－8; 林后五: 10; 林前三: 13; 彼前一: 17; 太十六: 27; 廿五: 31～46。
仔细阅读这些经文的上下文，就会看出，这些话是对信徒说的，至少是对外表上已经承认基督的人说的。 他们已经脱离了律法的审判和咒诅，现在应当显出信心的生活。信心若无行为，只是一种抽象的观念，无从捉摸。 行为使信心成为具体化，证明信心的确錾。正如一棵树的好坏，可从它的果实上察觉，凡真有信心的人，也必会结出圣灵的果实（太十二: 33; 加五: 22－25）。
而且，凡有真信心的人，虽或在基督的根基上建造不固，这些工作会被毁灭，他们却仍被列在得救之人中，可见行为不是得救的量尺（林前三: 13）。 惟有那些口是心非，言行不符的人，要在末日显出他们的真面目（太廿五: 41～45; 参太七: 21－23）。
当神在末日审判世人之时，衡量的准绳乃是看他在世上的行为是否是出乎信，他的信心有否产生善行，因为惟有出于信心的行为，才是配得赞许的（帖前一: 3）。
②按行为报答。
箴廿: 7; 廿五: 21～22; 太六: 1～6，16～18; 路六: 38。
这部分的经文，与前面一段所提的经文，略为不同。 这里不是论到审判的依据而是论到善行的得赏。罪人既是靠恩典得救，白白的称义那么神为何要给他们赏赐呢？
关于这个问题，我们可从两方面来考虑。第一，福音的根基不能被放弃。福音的信息毫无疑问地指出，罪人是因信称义，赖恩得救的。 他的善行也是圣灵在他心内运行之果效。 耶稣曾两次用比喻说明此点。第一个比喻是论到仆人和主人的关系。他说，当仆人按照主人的吩咐，作完一切工作后，只当说: 「我们是无用的仆人，所作的本是我们应分作的」（路十七: 7～10）。 另一个比喻是论到工作时间和工资之给与。 各人工作的时间虽长短不同，所领的工资却是相同，证明工资也是出于主人的慷慨，否则他们都是游手好闲，无工可作的人（太廿: 1～16) 。
第二，在另一方面，神为要鼓励他的儿女行善，利用赏赐的应许来激发他们向善背恶。 如同世上的父母应许儿女某些礼物，如果他们勤力和善，虽然这些是他们应尽之本分。 应许仍是赏赐，不是酬劳。
③信行并重。
雅二: 21～22，24～25。 雅各利用亚伯拉罕的行动作为实例，解释人称义，不但是靠信心，也靠行为。非但如此，他更称妓女喇合差待以色列间谍之行动，作为她在神面前称义的根据。 雅各在此处的教训，似乎与保罗因信称义的教义相背。
马丁路德曾因此一度否认雅各书为圣经经卷，虽然他承认该书包含属灵的教训。 然而宗教改革运动并未摈除雅各书，并继续承认它为经卷，与其它经卷具有同等的权威和地位。
雅各写这卷书的目的，是要劝勉基督徒，应当信行相称，不可只听道而不行道（一: 23）; 要照顾寡妇孤儿（一: 27) ; 不要看人的衣着对待人（二: 1～9）; 信心必须在行为上显明（二: 14～26）; 要约制口舌（三: 2～13）; 不要彼此论断，批评，或纷争（四: 1～12）; 不要专顾金银财物（五: 1～6）。 雅各书可称为是一本基督徒生活实践宝训。
确定了雅各写书之主旨，我们才能意会信心与行为并重之原理。 在当时教会中（现在教会也是如此），显然有许多教友只是口头信主，行为却无多大改变。 因此，雅各警成他们，应当信行一致，否则单是口头信主并不能在神面前被称为义。然后他引证亚怕拉罕献上以撒的实例，来证明他的论点。
但是，我们应当注意，亚伯拉罕被神宣称为义是在他奉献以撒之前。 雅各也了解这一点，所以在他论到奉献以撒之事以后，没有引用献祭后神对亚伯拉罕祝福的话，反倒引用以撒尚未出生前，亚伯拉罕因信神对他所作的应许，而被神宣称为义的经文（创廿二: 17～18; 十五: 6）。 可见雅各和保罗一样相信，人被称义单是因信之故（罗四: 2－3，20～22）。
雅各提起亚伯拉罕奉献以撒之事，为要证明亚怕拉罕之信心是一个真实的信心。 故此，天使对他说: 「现在我知道你是敬畏神的了」（创廿二: 12）。 可见亚伯拉罕奉献以撒，是一种信心的行动; 他的行动表明了他的信心，或称成全了他的信心（雅二: 22）。
妓女喇合的行动，也是同一个原理。 因为她已「知道耶和华已经把这地赐给你们（并相信）耶和华你们的神，本是上天下地的神，」 所以她把以色列的间谍藏在屋顶上，并且以后放走他们（书二: 9～16）「她的信心，若与亚怕拉罕的信心比较，真是微乎其微，但这微弱的信心却推动她的心，以至得救（来十: 31）。
保罗在致罗马人书前半卷的主旨，是要推翻一切自以为义的根据和理论，而雅各的主旨乃是要驳斥单信不行的自我陶醉之心理。 他们两人作书之目的虽是不同，但在教义上并无冲突。 因为真实的信心，必会产生善行（雅二: 26; 罗六章）。