启蒙运动对所有的宗教都是持评判态度的，而基督教则是首当其冲。对个中的缘故，麦葛福是这样分析的：
启蒙运动主要发生于欧美，其文化背景中最突显的宗教，就是基督教。这个观察很重要，因为启蒙运动对宗教的一般性评判，往往成为对基督教的评判。基督教教义受到前所未有的猛烈批评。基督教的圣书 -- 而非回教或印度教的书 -- 受到前所未有、吹毛求疵的查验，不仅针对其文字，也针对其历史性；《圣经》被视为“与一般书没有区别”。拿撒勒人耶稣的生平受到批判，并被重新架构；穆罕默德 (Mohammed) 或释加牟尼 (Buddha) 却未受到考验。[21]
麦葛福指出，启蒙运动对基督教的评判，主要集中在六个方面。第一，怀疑神迹的可能性。机械式的宇宙规律和秩序，使人怀疑《圣经》中记录的神迹；倘若当今缺乏同类的事 (如复活)，《圣经》中人的见证也不足以证实神迹曾经发生过。第二，对超然启示的概念愈来愈采取批判的态度。因为超然启示和神迹属于同一个范畴；再者，也因启蒙运动的思想家对历史的轻视。他们认为历史真理是偶发性的，远不如必要性的理性真理有份量；认为历史与理性之间有“丑陋的鸿沟”，不能跨越。既然启示发生在历史之中，就没有什么价值。第三，猛烈抨击原罪的教义。认为原罪的教义会使人消极，不利于社会的发展，是人类的桎梏；认为原罪的教义是教父奥古斯丁的观点，早已过时。第四，用邪恶的存在来挑战基督教信仰。在中世纪，全能的神与邪恶并存，在信仰上并不是拦阻；但到启蒙运动时期，情况却完全改观：邪恶的存在成为基督教信仰的一致性、可靠性的一大挑战。第五，评判《圣经》。既然神迹和超然的启示被否定，《圣经》就只是人写的书，其中有矛盾，需要像对其他文学作品那样，用经文分析和解释法来处理。第六，重估耶稣。这主要有两方面。其一，不接受耶稣是超然的救赎主，而只是有亮光的道德教师，从而开始了“历史耶稣的追寻”，要绕到新约福音书的背后，去发掘一位更单纯、更人性化的耶稣；其次，否定耶稣的代赎和复活，鼓吹“救赎的道德论”，认为耶稣的死，只是成为舍己和献身的榜样，以激励人们效法他。[22]
总之，在启蒙运动时代，自然宗教 (理性宗教) 取代了启示宗教，基督教的三一神论、基督论、《圣经》论、人论和救赎论等基本信仰倍受攻击、被人扬弃；剩下的只有因果律能证明的神的存在、灵魂不朽、人死后的赏罚等一般宗教信念。 但这些信念与基督教已相去甚远了。而且，在启蒙时代，随着对世界各种宗教的了解的增多，人们对基督教的独特性也产生怀疑；认为基督教和其他宗教一样，只是在某种文化处境下的产物。[23]