狄拉德和郎文 (R. B. Dillard & T. Longman III) 指出：
对于五经作品的问题，过去两百年来，批判法中的底本假说 (从 Eichhorn 开始) 大行其道。其中有一个世纪以上 (自 Wellhausen 的书开始) ，学术界对这方法信心十足，认为是“批判法明确的结果”。令人惊讶的是，到了今天，它只能苟延残喘，因为问题百出，又有其他解决方案提出，同时学术界的努力已经转向。可以预期的是，下个十年中将会有人为此方法提出辩护，不过这些将是不再生效的研究法垂死的挣扎。[15]
貌似严谨的底本说之所以难于维持下去，主要是它的许多依据都很勉强、甚至彼此矛盾。这样，不仅遭到保守派的抗拒，而且在支持底本说的学者之间，也常发生冲突。比如，如何把经文区分为不同的来源，一直无法取得共识；对于这些来源的日期，谁先谁后，也长期争论不休；这显然暴露出底本说的方法论中所包含的人的主观因素，使人们对其科学基础产生怀疑。尤有进者，许多学者怀疑E 是否是独立的来源，这显示传统的底本说已经崩溃。[16]
底本说从一开始就面对著许多无法驳倒、无法逾越的反证。篇幅所限，本书不能详述，只能举例说明。
以对神的不同称谓作为划分不同的资料来源的基础，是不切实际和危险的。首先，有学者指出，在七十士译本中，不一致的译名 (“雅巍”译为“神”，“伊罗兴”译为“主”) ，不下一百八十处；可见马索拉抄本 (Masoretic Text) 在流传名字时，并非十分准确，实不足以成为底本说精细地区分资料来源的依据。[17]
其次，从比较宗教学的观点看，以色列以外的异教国家 (如巴比伦、乌加列、埃及等) 的宗教文学中，都以多个名字称呼同一位神；人们比较熟悉的希腊神祗中，神王宙斯 (Zeus) 又称为科尼安 (Kronion) 和奥林匹奥士 (Olympios) ；雅典娜 (Athena) 又称为柏腊士 (Pallas) ；亚波罗 (Apollo) 又称为霍布斯 (Phoebus) 和琵提乌士 (Pythius) 。这些名字都一一出现在荷马史诗的平行句中，但从来没有人说荷马史诗有不同的资料来源。[18] 为什么五经中对神有不同的称谓就被断言有不同的资料来源呢？
第三，五经中用不同的名字称呼神，是有不同的神学意义的。艾基新 (Gleason L. Archer, Jr.) 认为，从字源角度看，“伊罗兴”是从“有力量的、强壮的、最前端的”字根演化而来，描绘神是创造宇宙的全能者；故此，“伊罗兴”适用于《创世记》第一章，因为该章的主题是创造。另一方面，雅巍是神立约之名，在神参与某种立约行动的时刻才使用；所以，在《创世记》第二章，这个名字频频出现，因为它的主题是描写神在工作之约下，如何恩待亚当和夏娃。[19] 也有学者认为，“谈到史前史、切合智慧文学类的地方，会用伊罗兴；谈到强调特殊启示的地方，常用雅巍。”[20] 姑且不论哪一种看法更合宜，用神的不同名字作为不同资料来源的根据是没有说服力的。
近期对闪族文学形式的研究表明，重复记载是文学中刻意使用的，平行故事是故意采用的文学常规，为要达到某种特定的效果。[21] 底本说却把它们分割成不同的来源。现以创造和洪水的记载为例。
底本说把《创世记》第一章和第二章分别划入P 来源(写于被虏或被虏后期) 和J 来源(写于主前第九世纪) ，认为这两章关于创造的平行记载是彼此冲突的：第一章说人最后被造，而第二章的创造次序则是人 (2: 7) 、植物 (2: 9) 、动物 (2: 19) 和女人 (2: 21 - 25) 。然而，这种观点是很肤浅的。其实，这两章的记载不是冲突的而是互补的。第一章是创造的梗概，第二章则详述人的受造和人生活的环境伊甸园；第一章是年编式的，第二章是论题式的。第二章介绍了亚当与夏娃、伊甸园、分别善恶的树、和神在恩典中与亚当所立的“工作之约”(Covenant of works) ，乃是为第三章的人的堕落作铺垫。古代近东的碑文也展示类似的文学风格：首先简扼地称扬统治者的英勇行为，继而详细记述特别的胜利。[22]所以，《创世记》第二章并不是创造过程的记录，因为神不可能在创造人的居所之前就先造人；同时，一个真正的创造记录也不可能遗漏记述太阳、月亮、星宿、地球和海洋被造过程。[23] 柯钦 (K. A. Kitchen) 尖刻地指出：
经常有学者宣称，《创世记》第一和第二章记载两个不同的创造故事，但事实上，那“两”个记载严谨的互补性质，是显而易见的：《创世记》第一章将人的被造，列在一连串创造的最末了，而且缺少任何详细资料；但在《创世记》第二章，人是兴趣的焦点，关于他和他的背景资料，更具体详尽。二者完全没有互不相容的重复。不能够领悟不同题材 -- 一方面是所有创造的提纲，另一方面是集中人和他当前的环境 -- 的互补性质，实在近乎文盲。[24]
《创世记》第六到第八章关于洪水的记载也颇为类似。底本说把这三章的记载切割为J 和P 两个来源，认为它们彼此矛盾：P 吩咐每类动物各有一对进入方舟，洪水泛滥一百五十天；J 却说“洁净”的动物各有七对进方舟，洪水泛滥仅四十天，等等。其实，不带偏见的读者，很容易辨明这三章记载的和谐、统一性。它的主题是人的堕落、神的惩罚和神的拯救。底本说指出的“矛盾”根本不矛盾。各类动物有一对进入方舟是一般吩咐，而洁净的动物各有七对入方舟则是特别吩咐。这也表明，远在摩西时代之前，动物已有洁净与不洁净的区分了。洪水泛滥四十天是指倾盆大雨四十天：“四十昼夜降大雨在地上”(7：12)，“洪水汜滥在地上四十天，水往上涨，把方舟从地上漂起”(7：17)；洪水泛滥一百五十天，则指洪水淹没地面的最高点，共持续了一百五十天：“水势浩大，在地上共一百五十天”(7：24)。[25]
底本说的一些学者把达尔文的进化论的思想，或者把近东非以色列国家宗教发展的过程，硬套在在以色列人的宗教信仰上。他们认为，以色列人的宗教信仰不是独一真神的特殊启示的结果，而纯粹是一个自然演进的过程，是一种文化现象。按他们的观点，以色列人的宗教信仰始自拜物教 (fetishism) ，渐次演变为泛鬼灵崇拜 (polydemonism) 、多神崇拜 (polytheism) ，最后达至一神崇拜 (monotheism) 。但是，这种观点与《圣经》的记载完全不符。按照《圣经》，以色列人从一开始就是、而且至今一直坚持独一真神的信仰。为了使自己的观点能站得住，他们竟无端地说，《圣经》中的这些记载是被掳后期祭司学派的人重编古代遗传、加以粉饰的结果！[26] 这充分暴露了他们的治学态度：漠视《圣经》经文提供的客观证据，主观地在自己的臆测之上再加臆测。难怪，“饱受威尔浩生理论熏陶”的美国当代考古学泰斗奥伯莱 (W. F. Albright) 在1941年写道：“在我们的心目中，威尔浩生仍然是十九世纪首屈一指的《圣经》学者。但是他的见解已经过时了，他所描绘的以色列早期进化图，实在大大歪曲了史实，”[27] 狄拉德和郎文也说：“今天几乎没有一个人接受威尔浩生的主张，即，在旧约中可以侦测出宗教的进化，从精灵主义，到一神主义，再到独一真神论。当代的批判家很快就可以看出，他采用黑格尔式的假设，因此不值得接纳。”[28]
底本说的有些学者认为，《创世记》中关于亚伯拉罕及其后裔的记载都不可靠，常常与史实不符，甚至彻底否定亚伯拉罕是真实的历史人物；还有学者说亚伦是一个虚构的人物，在出埃及及原始的传说中，毫无地位，等等，不一而足。但是，《圣经》考古学的丰硕成果使底本说学者的这些论断不攻自破。学者爱尔达 (John Elder) 说：
若说考古科学的兴起，解开了历史学家和正统基督教之间的死结，实在不是一种夸张。一点一滴地，一座接着一座的城市，一个接着一个的文明，一种接着一种的文化出土，这些本来只是秘藏于《圣经》中的回忆，透过考古学者的研究，都被置放在古代历史轨迹的正确位置上。[29]