常被人们质疑的另一个《圣经》伦理问题是奴隶制。如果《圣经》赞成、起码没有反对奴隶制，那么，《圣经》怎么可能都是神的话呢？
柯钦（K. A. Kitchen）指出，有证据显示，古代近东早期即实行奴隶制。奴隶的来源是俘虏（特别是战俘）、购买、赔偿、自卖、或拐骗，等等。[136] 希伯来社会的奴仆主要有希伯来奴仆、外邦战俘和“尼提宁”，后者是附属于利未人的（拉8：20）；像利未人从未变成祭司的财产一样，尼提宁也从未真正变成利未人的奴隶，反而变成了神殿人员的一部分，只是地位比利未人稍低罢了。[137]
未了防止大批农民沦为奴隶，旧约律法规定，因不能偿还债务的为奴的，只须服侍债主六年，到第七年便可获得自由，同时得到足够的资产自力更生（出21：2 - 4；申15：12 - 15）；那些愿意继续留下来服侍主人的，可以永远为奴（出21：5 - 6；申15：16 - 17）。这些选择永远留在主人家里的奴隶，到了禧年的时候，仍可获得自由（利25：39 - 41），并得回自己的产业（利25：28）。
希伯来女子若被卖为奴，她的婚姻和生活都能得到保障：
人若卖女儿为婢女，婢女不可像男仆那样出去。主人选定她归自己，若不喜欢她，就要许她赎身；主人既然用诡诈待她，就没有权柄卖给外邦人。主人若选定她给自己的儿子，就当待她如同女儿。若另娶一个，那女子的吃食、衣服、并好合的事，仍不可减少。若不向她行这三样，她就可以不用钱赎，白白的出去。（出21：7 - 11）
外邦的奴仆与希伯来奴仆不同，他们可以在一个家庭中永久为奴，并与其他家业一起世代相传（利25：44 - 46）；但是他们要按照族长的先例行割礼（创17：12），被纳入以色列国中，可与以色列人一同守逾越节（出12：43 - 44）、五旬节（申16：10 - 11）、和住棚节（申16：16），与以色列人同享安息日，每周休息一天（出20：10，23：12）。战争期间俘获的妇女可以成为希伯来人的正室，这样她便脱离了奴仆的身份；若后来被休，便可自由离去（申21：10 - 14）。
希伯来人注重保护奴仆的合法权益。仆婢之间的婚姻，和自由人的婚姻一样，也受到尊重。即使仆婢仅订婚，若有他人（不论自由人与否）破坏婚约，即是犯罪，需要献赎愆祭（利19：20 - 22）。主人被要求要对自己的奴仆宽大为怀，甚至听到奴仆咒骂自己时，也要抑制怒气：“人所说的一切话，你不要放在心上，恐怕听见你的仆人咒诅你。因为你心里知道，自己也曾屡次咒诅别人”（传7：21- 22）。若遇到逃脱的奴仆，也不要把他交还原主人：“若有奴仆脱了主人的手，逃到你那里，你不可将他交付他的主人。他必在那里与你同住，在你的城邑中，要由他选择一个所喜悦的地方居住；你不可欺负他”（申23：15 - 16）。主人若打死了奴仆，必要受刑罚（出21：20）；主人若对奴仆造成了永久性的伤害，奴仆即可获自由：“人若打坏他奴仆或是婢女的一只眼，他就要因他的眼放他去得以自由。若打掉他奴仆或是婢女的一个牙，就要因他的牙放他去得以自由”（出21：26 - 27）。
一般而言，旧约有关奴仆的律法和风俗都较有人情味，[138] 希伯来社会的奴隶制度比较合乎人道。[139] 甚至有学者认为，“一个家庭中，只有很少数的希伯来奴仆，要经常跟他们的主人一同在田间操劳，并且，他们跟家中其他奴隶的生活，较之一个赤贫的自由人所面对的饥饿与贫乏，可算是稳定和合理。”[140] 贾基（E.A. Judge）指出，希腊古典理论假设有一个天生的奴仆阶层，但“犹太人不承认有自由人与奴仆的基本划分。”[141] 因为神不断提醒犹太人，他们曾在埃及为奴，使他们奉神的名对没有子民身份的人民流露出独特的眷顾。[142] 同时，神不断告诫犹太人，他们整个民族是耶和华的仆人，故不可彼此奴役：“因为他们是我的仆人，是我从埃及地领出来的；不可卖为奴仆；不可严严的辖管他，只要敬畏你的神”（利25：42 - 43）。这正像对待妇女的态度的“侵入伦理”一样，在已存的奴隶制中，神向犹太人灌输了“在神面前，人人平等”的观念。
到了新约时代，以色列社会中仍有奴隶制。在初期教会里，有些基督徒自身是奴隶，而有的则是拥有奴隶的主人。使徒保罗所写的《腓利门书》的受信人腓利门就是一个蓄奴的基督徒，而信徒阿尼西母则是腓利门的奴隶。阿尼西母本是腓利门的奴隶，后来他逃跑了。保罗领阿尼西母信主后，规劝他回到腓利门家里去；同时，保罗致信腓利门，请腓利门宽恕、接纳阿尼西母。有人据此说保罗拥护奴隶制。这种论断是很欠公允的。
奥布瑞恩（(Peter T. O’ Brien) 指出：
没有新约作者对奴隶制的起源有任何评论。同样，在新约里，奴隶制没有任何神学上的支持，没有对一个人可以拥有另一个人做出任何辩护。新约里有直接的证据显示，早期有些基督徒本身就是奴隶，有些则是蓄有奴隶的主人。再者，保罗或其他人并无任何改革的建议，来解决或完全废除这邪恶的奴隶制度。相反，新约的重点是如何在这制度里改变人际关系。[143]
虽然旧约律法主张不将逃奴送回主人那里（申23：15 - 16），但私自收养逃奴是违反罗马律法的，而当时犹太人是在罗马政府的统治之下。另外，保罗对腓利门说，“他若亏负你，或欠你什么，都归在我的账上”（门18），学者们推测，除了阿尼西母的逃跑直接给腓利门造成损失外，阿尼西母在潜逃时，很可能还盗取了腓利门家的财物。[144] 因此，保罗要阿尼西母回到主人那里，不仅避免了他与腓利门的基督徒关系出现裂痕，也使阿尼西母有悔罪和改正的机会。
陈终道说，保罗叫阿尼西母回到主人那里，与保罗是否赞成奴隶制毫不相干：
反之，保罗自己对待阿尼西母的友爱态度，正可以证明他心中全无阶级的概念。虽然阿尼西母是一个奴隶，又是一个逃犯，但他既已真诚悔改，使徒保罗全没有轻看他的意思，倒是称他为“捆锁中所生的儿子”，又要求腓利门待他像“亲爱的弟兄”，“收纳他如同收纳我一样”。这种不分阶级、用爱心待人的态度，和要求作主人的用兄弟般的爱对待奴仆的教训，虽然不是为着反对奴隶制度而说，却是本着福音真道的待人原则说的，这已经足够使整个奴隶制度失去意义了！[145]
保罗规劝阿尼西母回到主人那里，并不表明保罗赞成奴隶制，正像主耶稣给罗马政府交税（太17：27，22：21），却并不能因此说主耶稣赞成罗马的殖民统治一样。耶稣基督来到世上，不是要推翻罗马的统治，而是要藉着他的死，把人们从罪恶和死亡中拯救出来。同样，使徒们的任务，不是推行社会、政治制度改革，而是致力于福音的广传。当人们重新与神和好后，人际关系也会随之改善，从而必然对社会、政治制度产生极深远的影响。
奥布瑞恩指出，在已存制度里奴隶与主人的关系，必须置于同属于一位主的亮光中来处理。[146] 迈尔（H. A. W. Meyer）说：“对腓利门而言，他在肉身上得了一位弟兄作他的奴仆，却在主里得了一位奴仆作他的弟兄。”[147] 有学者根据保罗对腓利门说“我写信给你，深信你必顺服，知道你所要行的，必过于我所说的”（门21）这句话，推测阿尼西母最后获得了自由。其实，阿尼西母是否仍回到腓利门那里做奴仆已不重要。因为不管怎样，腓利门都不会再把他“当作”奴仆。新约《圣经》的许多宣告，已敲响了奴隶制的丧钟：
你们受洗归入基督的，都是披戴基督了。并不分犹太人、希利尼人、自主的、为奴的、或男或女；因为你们在基督耶稣里，都成为一了。（加3：27 - 28）
你们作主人的待仆人，也是一理，不要威吓他们；因为知道他们和你们，同有一位主在天上，他并不偏待人。（弗6：9）
仆人有信道的主人，不可因为与他是弟兄就轻看他；更要加意服事他；因为得服事之益处的，是信道蒙爱的。你要以此教训人，劝勉人。（提前6：2）
不再是奴仆，乃是高过奴仆，是亲爱的兄弟，在我实在是如此，何况在你呢！（门16）
不仅新约《圣经》如此教导，在旧约《圣经》中，约伯也早有此洞见：
我的仆婢与我争辩的时候，
我若藐视不听他们的情节；
神兴起，我怎样行呢？
他查问，我怎样回答呢？
造我在腹中的，不也是造他么？
将他与我抟在腹中的，岂不是一位么？（伯31：13 - 15）
神与人的纵向关系破裂了，人与人的横向关系一定出问题。如果人们没有“同有一位主在天上”的思想，人们就不能彼此相爱，只能彼此相争、彼此相斗，真正的人类平等是绝对不可能实现的。即使消除了奴隶制度，又会出现封建制度、资本主义制度，产生新形式的阶级压迫。只有神与人的关系被修复如初，在基督耶稣里，人们才能互相平等，彼此相爱。只有当更多的人敬畏神的时候，只有当基督的救恩所带来的“自由、平等、博爱”的思想深入人心的时候，才可能从根除一切形式的阶级压迫和阶级剥削。虽然十七、十八世纪，有些所谓的基督徒肆意虐待、贩卖奴隶，并以“非洲黑人等同于含的咒诅”（创9：22 - 27）的假设为自己的恶行辩护，但是在许多基督徒和基督教会长期不懈的抗争下，英国於1807年宣布奴隶制为非法，1833年整个大英帝国废除了奴隶制度。在美国，1808年禁止奴隶买卖，1865年内战结束后废除了奴隶制。[148]