达尔文发表《物种起源》两年后，1861年汪迈尔（Hermann von Meyer）在德国的苏郝芬（Solnhofen）石灰石矿场发现了一块似乎介于爬行类和鸟类之间的化石。它有翅膀和羽毛，也有牙齿；有一条蜥蜴般的长尾巴，它的翅膀（指尖）还有爪子。汪迈尔给它取名为“始祖鸟”（Archaeopteryx），由伦敦的自然历史博物馆收藏，叫作“伦敦标本”。1877年，有人又在这个石灰场发现了一块保存更完整的始祖鸟的化石，存于柏林的洪堡博物院，故称“柏林标本”，也是后来为亿万人所熟悉的标本。此后，在同一地方又出土了六块始祖鸟的化石；一共是八块。不过，其中一块只有羽毛，另一块后来不知所终。
苏郝芬石灰石属地质学上的晚（上）侏罗纪（Jurassic）。该场出产的石灰石的质地非常细腻，以至它被开采来作平版印刷。所以，始祖鸟化石也保存精美，羽毛结构都很清晰。1986年，英国有人宣称，“伦敦标本”是假造的：有人在一只小恐龙的化石上涂了泥浆，然后把现代鸟的羽毛印在上面。但经英国的古生物学家们鉴定，认为这种指控是缺乏依据的。
始祖鸟化石的发现，被认为是找到了爬行类和鸟类之间的缺失环节，是对达尔文的理论的强有力的支持。进化论者都为之雀跃。古生物学家丁格斯和罗尔（Lowell Dingus & Timothy Rowe）写道：“对博物馆长来说，始祖鸟的名声像林布兰（Rambrandt）、史塔第发利（Stradivarius，译注：十七、八世纪之交的意大利弦乐器制造家），或米开兰基罗（Michelangelo）一样响亮。”[55] 古生物学家雪曼（Pat Shipman）说，始祖鸟的化石“何止是世上最美的化石……它是一个圣像（icon），古代留下的一件神圣遗物，如今已成为进化过程有力的象征。”[56] 1982年，哈佛大学的新达尔文主义者迈尔（Ernst Mayr）称始祖鸟为“爬行类与鸟类之间最理想的环节。”[57]
但是，经过一百多年，当人们有了更多的数据后，始祖鸟当初的地位也不复存在了。笔者曾写道：
始祖鸟的某些爬行动物的特征（如前肢有爪），已在现今的活鸟中发现。其次，原以为始祖鸟是半爬半飞的；现据其爪的形状，已被确认为是一种已能栖息在树上的鸟。第三，中国科学家近年在中国辽宁省发现了与始祖鸟同期的现代鸟类的化石，说明始祖鸟并非鸟类的祖先。[58]
威尔斯指出，始祖鸟与现代鸟类之间在结构上的差异太大，它不可能是现代鸟类的祖先；这一点已取得普遍的共识。[59] 现在争论的问题是，始祖鸟的祖先又是什么动物呢？
生物分类学的创始人林奈（Linnaeus）认为，生物分类中的不同层次，反映了神创造的计划。但在达尔文进化理论的重新解释下，一种叫做“分支系统学”（cladistics）的新的化石分类法开始流行起来。这个新分类法是由德国生物学家汉宁（Willi Henning）於1950年代倡导的，分类的依据完全依赖同源（homology）的理论。在分支系统学中，生物的特征是最重要的，特征的相似性成为推测动物亲缘关系的唯一条件，化石记录出现时间顺序都是次要或无关紧要的。在这个分类系统中，首先假设所有生物都有共同祖先，然后根据它们的特征推论它们族谱的分叉点（这是“分支”一名的来由）。所以，在分支系统学中，所有的化石都组成“祖先 -- 后裔”的不同系列。按照分支系统学，始祖鸟的祖先是一只像鸟的恐龙。专家们都急于要找到这样一支像鸟的恐龙的化石。
1999年，一位业余恐龙爱好者塞克斯（Stephen Czerkas）和美国国家地理学会宣布，他们在亚利桑那州的一个矿物展览会上，花八万美元买到一块“在陆生恐龙和真正能飞行的鸟类之间的遗失环节”的化石：它有低等鸟类的前肢和恐龙的尾巴。塞克斯给它取名为“原始鸟龙”（Archaeoraptor）。这化石很可能是从中国走私出来的。同年11月，美国《国家地理》杂志文图并茂地报道了这一发现，并声称，原始鸟龙具有的“高等和低等的特征正是科学家预期的恐龙试飞时应有的情况。”[60] 不料，这块化石被中国古生物学家徐星（Xing Xu）验证是假冒：伪造者将一条恐龙的尾巴嫁接在一支早期的鸟的身上！这使《国家地理》杂志非常丢脸。
威尔斯评论说：“那原始鸟龙拥有的特征正是科学家预期的。因为聪明的伪造者知道科学家想要甚么，他就照样造出来，好在国际市场上收取高价。”“即使原始鸟龙是真货，它还是比始祖鸟年轻了数千万年，也不可能填补分支系统学方法所留下的化石空缺。”[61]
后来，一项新的发现取代原始鸟龙，吸引了人们的视线。那就是化石斑比龙（Bambiraptor）。此化石首先被蒙塔纳州的一家人於1993年发现，1995年被转交给专业的古生物学家研究。这个化石动物有鸡一般大小，又尖锐的牙和爪子，加上一条长尾巴，整个身体约三呎长，很像电影《侏罗纪公园》（Jurassic Park）里的那种凶残的肉食动物Velociraptor，只是个体较小而已。被复原的斑比龙於2000年4月在佛罗里达州召开的恐龙鸟类进化讨论会上展出。虽然这块化石是在白垩纪的地层中发现的，比始祖鸟年轻七千五百万年，但分支系统学的分析认为，它具有始祖鸟的祖先应有的骨骼特征。而且，检验过它的古生物学家宣称它是“所有标本中最像鸟的恐龙”，是“鸟与恐龙之间最出色的遗失环节”。[62]
但是，斑比龙的复制过程却是一般人难以知晓的：
顾立（Brian Cooley）是重组恐龙化石骨骼的专家，他组装了这支斑比龙供会议展出。他向与会者解释说，他尽量使斑比龙像只鸟，以还它在恐龙和鸟之间的应有的地位。他重组肌肉时，用鸟的解剖作蓝图。将它的眼睛照鸟的视线按上，所用的眼球是为老鹰造的假眼球。顾立猜想斑比龙全身一定长满了不整齐的羽毛，他就给它贴上羽毛。[63]
《进化论的圣像》一书的作者威尔斯（Jonathan Wells）也出席了这次讨论会，亲眼目睹了斑比龙这尊圣像，阅读了会议分发给与会者的相关的科学报告，令他深为震惊：
每一位与会者都收到一分三周前才出版的、正式描述斑比龙的科学文章。第一次发表一种新化石的报告必须依据严谨的科学准则，非常仔细地描述“模式”标本。这正式的报告中附有几张斑比龙的复原图，其中两幅显示斑比龙全身长着毛状的突出物，前肢则有羽毛。
但是，在化石标本上没有任何类似羽毛的痕迹。那些毛状的突起和羽毛都是想象出来的。因为分支系统学说它应该有这些东西，它们就被写入化石的报告中。唯一指出这些毛状突起和羽毛并不是实际存在的，是一幅图画的标题中这样的一句话：“复原标本显示理念中的皮毛结构。”我大吃一惊。一般说，我们可以预期一些浅白的说明，如：“化石上并没有毛状突起和羽毛，但因理论上的考虑，特此加上。”在这种情况下，这份科学报告更像有意隐瞒真相，而非如实报告它。[64]
此外，在同一次会议上，加斯卡（William Garstka）报告他和阿拉巴马州的一队分子生物学家从六千五百万年的一恐龙骨化石中提取出了DNA，并用扩展复制技术读出了它的序列；这序列显示与鸟类的DNA序列最相似。他们认为找到了“第一个直接的遗传证据，鸟类是现存动物中最接近恐龙的”。[65] 候尔顿（Constance Holden）在随后一周的《科学》杂志上也作了报导。但加斯卡的报告有不少疑点。首先，他们提取DNA的化石是一只三角龙。而三角龙在恐龙中是代表与鸟类的距离较远的那一个分支。其次，加斯卡从三角龙化石得到的DNA与火鸡的DNA百分之百地相同。但研究表明，即使与火鸡最相近的鸟的DNA与火鸡的DNA的相同率也不过是94.5%而已。因此，有人怀疑是否有人在开加斯卡和他的同仁的玩笑。加斯卡和同事也在考虑一种可能性：是否有人在附近吃过火鸡三明治……
威尔斯是这样叙述始祖鸟这帧进化论的圣像的现状的：
现在争论鸟类来源的双方都同意，始祖鸟不是现代鸟的祖先。这个早年比任何化石都更有力地说服人相信达尔文学说的始祖鸟，如今竟被这些比其他生物学家更极端地追随达尔文的分支系统学者罢黜了。这岂不是很大的讽刺吗？世上最美的化石，被迈尔称之为“在爬行类和鸟类之间最理想的环节”，现在被静静地束之高阁。寻找失环的努力至今不断，就像始祖鸟从未出现过一样。[66]