关于宇宙万物，以及人类之由来，儒家否认上帝创造之说，认为乃是阴阳二气所和合化生。易言之，乃是本乎自然。例如《易系辞》下说：「天地氤氲，万物化醇；男女构精，万物化生。」《书经》、《易经》，虽有「天生蒸民，有物有则，上天之载，无声无臭」；「大哉乾元，万物质始，乃统天」诸说；但天的观念，非常含混，究未可与创造天地万物和人类的有位格的上帝，等量齐观。宋儒复将天地阴阳理气之说，加以推演，谓「太极」乃万物之始，又谓太极本于「无极」，无人能穷其源。他们复以「太极」为理，谓理与气混合，初无先后之分；气分阴阳，均有理连乎其中。由于阴阳二气的动静，而天地分。天为阳，主乎动；地为阴，主乎静；男女由此殊，明暗由此异，生死由此分，而尊卑智愚贤不肖，亦由此判。人得天理之全，物得天理之偏。
至于人类的本真，以及人性的善恶问题，孔子仅有「性相近也，习相远也」，和「有教无类」的说法，初未绝对主张性善。一般人都以为儒家主张性善之说，其实未必尽然。儒家的荀子，且曾力倡「性恶」之论。他认为刑政礼法之兴，乃所以防微杜渐，正足以证明人性之为恶。特孟子强调「人性之善，犹水之就下，人无不善，水无有不下」；复由于孟子在儒家地位之重要，及其辩才之无碍，以是都奉孟子为正宗，而视荀子为异端。
儒家人生的大道，乃「在明明德，在新民，在止于至善」；而明明德，止至善的层次，则在「格物，至知，诚意，正心，修身，齐家，治国，平天下」。儒家以「天地之大德曰生」，人生当尽其在我，以生为乐；己立立人，己达达人；穷则独善其身，达则兼善天下。孔子虽亦言「天命」，他说「天命之谓性，率性之谓道，修道之谓教。」但是他对于最根本的「性与天道」，却存而不论，不可得闻，堪称舍本逐末。所以儒家学者，大部认为「天道远，人道迩」；「未知生，焉知死」。他们的人生态度，只是乐天知命，注重现实。他们的工夫，乃在存心养性，明德修身。他们虽抱有「为天地立心，为生民立命，为往圣继绝学，为万世开太平」的「顶天立地」的宏愿；却终不知天国的奥秘、永生的大道。他们虽也有一套「浩气长存」、「精神不死」的道理，用以自慰；却终不能解决人类生死的大问题，这不能不说是儒教的缺陷。