有些学者承认，圣经本身的确自称是一卷有权威的超自然性的书，但是他们认为这种见证不足为凭。他们指出，圣经中有许多错误和矛盾的陈述，因此推翻圣经对本身所作的见证。一般而言，反对圣经权威的理由可以分为下列数类:
A、科学方面的错误
反对者认为，圣经的作者对于宇宙有错误的观念。例如圣经似乎教训宇宙是以地球为中心的，而自然科学却已证明，地球只是太阳系中的一个星球而已。
这种反对可以从两方面来回答。
第一，圣经是一卷教导救恩途径的书，而不是一本专门性的科学书本。圣经教训的对象既是住在地球上的人，因此，对世上的人而言，在这方面地球确然是宇宙的中心。 而且圣经乃是用普通人能了解的日常用语所写成的。作者又是以住在地球上的人的地位和角度来观察宇宙的。虽然他们的科学知识非常浅簿，但是他们所提到的有关宇宙的陈述，却是正确的。甚至今日的科学家，在日常的言语中，仍不免应用「日出」和「日落」的名词。
第二，有些「错误」乃是解释的错误。在中世纪时代，教会往往根据当时传统的解释，来反对科学的明证，但是这只是证明解经的错误，而并不证明圣经本身的教训的错误。
B、历史方面的错误
反对圣经权威的人认定，圣经在历史的记载上有很多错误; 或是与其它的历史记载不符，或是圣经自身的记载有年代上的冲突。
我们必须记得，古时的历史不是完整的; 而且近代的专家无法获得同时代的全部或大部分资料，因此他们对古时代历史的了解，也往往是片面而不完整的。此外，古时的历史记载所用的数字往往是笼统的，当时的人对于时间的看法，与今人对于时间的观念大不相同。我们不应用现代「精细」的时间观念，去判断古人「约略」的时间观念。有时年代的不同是由于作者应用不同年历之推算。
C、新约引用旧约经文的错误
有人认为，新约作者在引证旧约经文时，常常不顾原句的本意，而强解经文，以适合他们的见解。
关于这类批评，我们应当从多方面来查考的。第一，某些经文在旧约时代的环境中或许是很简明的，但是新约时代的圣经作者，藉着基督道成肉身而来的更新及更丰富的启示，可以从另一个角度来解释那些经文。例如加拉太书三: 16中的「子孙」; 希伯来书十一: 24，27对摩西年轻时的行为的解释; 哥林多前书十: 1，4对吗哪的解释。第二，某些经文的话有着多种的含意。某一句话在旧约经卷中合于某一方面的道理，而新约作者在论到另一方面的真理时，却认为也可以适用的。例如罗马书二: 28。
D、反对神迹的不合理
凡是否认圣经中所描述的神的学者，当然会反对圣经中所记载的这位神所施行的神迹奇事为不合理。他们认为，一个恒久的世界必须有一个恒久不变的自然定律，而这个自然定律乃是牢不可破的。由于神迹都是与这个自然定律所冲突的，因此是不可信的。但是，自然律也是神所创造的。为要显明并实现救赎的计划，他有能力，也有权柄，在需要的时候，将自然定律暂置一边，而运用超自然的功能。我们若相信他能从无有造出宇宙和其中的万物，我们也能相信神迹的存在。
E、反对圣经中的道德观
有些学者指出，旧约信徒的生活，如多妻制，休妻等的风俗，并不表现高超的道德标准。但是，我们应当记得，旧约信徒的生活，并不一定反映旧约圣经所启示的道德标准，而只是使我们看到罪在人身上的影响。耶稣明明指出，神造人是以一夫一妻制为原则的（太十九: 5－6）。关于休妻的制度，耶稣指出，那是因为犹太人，心硬之故（太十九 : 7，9）。由于以色列国的宗教和政府的密切关系，有些宗教道德所不能容忍的事，法律却必须承认违法事实的存在，而定制法规。其它如战争中的杀害，对仇敌的咒诅等，必须要从罪的结果，和神整个救赎计划上来解释的。
我们并不否认，圣经中有许多问题是难以得到圆满的解释的。一方面是由于我们了解力的不完全（林前十三: 12），另一方面是由于资料的不足。杨爱华教授说: 「当我们在圣经中遇到困难的时候，我们不应立即下判语。假使我们对某一个问题无法解答，我们应当承认，我们并不知道一切，我们无法得到解答。若要宣称圣经中有错误，毋宁承认我们自己知识的不足为是」（「你的道是真理」第一八五页）。