人的本质，包括一个有形的身体，和一个无形的灵魂。身体来自尘土，灵魂出自神之气。身体和灵魂，组成一个完全的人。单是身体，不能代表人; 而是当神「将生气吹在他鼻孔里」之后，他才成为一个有灵的活人（创二: 7）。后来，人因罪而受咒诅，一个死亡的人，他的身体也不再能代表人，因为身体必将朽坏，意识也必将消灭（诗五: 17; 传九: 5）。
另一方面，人的灵魂虽然具有意识，不如死后的身体没有知觉，但灵魂若与身体拆散，也不完全，不能代表人。因此，耶稣基督降世，不单是救人的灵魂，而是救整个的人。保罗并不以灵魂得救为满足，却说: 「我们这有圣灵初结果子的，也是自己心里叹息，等候得着儿子的名分，乃是我们的身体得赎」（罗八: 23）。
无论已过世的信徒，或是尚存留在世上的信徒，当基督再来之时，都要改变，「这必朽坏的，总要变成不朽坏的，这必死的，总要变成不死的」（林前十五: 53）。
圣经有时用「死人」的字样，但这不过是一种通常的用辞，而上下文清楚表明，死人不是完全的人，不是整个的人。同样，圣经中有时用「灵魂」来指「人」，但上下文也清楚表明，那是形容有生命和生气的活人。（中文圣经译本普通用意释，如创二: 7; 四十六: 26，原文作「魂」，中文圣经译作「人」）。这种实例多不胜数。
有时「灵魂」是代表人离世后的自我意识，在救恩尚未完成前暂时作为人的存在的代名词，但这些灵魂并不真能代表整个的人（腓一: 23; 启六: 9; 廿: 4）。
神当初所造的人，包括灵魂和身体，因此「人」的定义必定包括这两方面的品质。人因罪而致身体与灵魂分离，但这不是一种自然的现象，而是一种反自然的现象。这种反自然现象，将在救恩完成时消除，身体和灵魂重新结合，恢复当初神造人时之原来品质。
身体是人的外形部分，是人灵魂的居所，也是发挥人的意志之器皿。人的意志，藉着身体的行动，得以表露（罗六: 12－13; 十二: 1）。身体虽受灵魂的指挥行事，却并不因此低于灵魂。身体和灵魂之间的微妙关系，不是我们能忖度的。
身体本身并非罪恶，也不是罪的源头，或带着罪的倾向。希腊哲学家将身体当作幽禁灵魂之监牢; 他们认为，灵魂必须脱离身体的束缚，才能得到自由。东方的宗教，往往也有类似的看法，以为苦待肉身乃是达到纯净自由之途径。
圣经的启示，观点不同。神所造的一切事物和生命，都是合宜美好的，包括肉体在内。神对亚当夏娃之惩罚，并非是因他们吃食禁果的行动之故，而是因他们对此行动所作之决定。因此对罪的惩罚，也是针对整个的人而定。
论到罪恶的问题时，圣经从不把身体和灵魂作对照，将罪诿诸身体的行动。圣经中所提的属体和属灵的对照，是指属世和属神的对照（罗七: 5－6; 八: 4－9）。身体不过是人心表现的工具，不是独立的单位。对于人的属体部分之了解，至少与其它五个主要的教义有关:
A、道成肉身
基督降世，是由童贞女马利亚所生，成为罪身的形状（罗八: 3）。在当时教会中有一部分人士，由于受到异教哲学的影响，而轻视一切属体之物质，因此直接或间接地否认基督道成肉身的道理。使徒约翰在他的书信中，非常肯定地指责这种异端。他说: 「凡灵认耶稣基督是成了肉身来的，就是出于神的……凡灵不认耶稣，就不是出于神，这是那敌基督者的灵」（约壹四: 2－3上）。因为，基督若没有真正取了人的身体，他就没有真正为我们的罪而受死。被钉在十字架上的基督，必定是一个具有血肉之体的基督（腓二: 7－8; 提前三: 16）。
B、复活
基督的复活，成为「睡了之人初熟的果子」（林前十五: 20），并且带给我们复活的盼望（十五: 12－19，50－53）。信主的人，不但灵魂得救，身体也必得赎（罗八: 23）。这证明身体的重要，它是完整的人不可缺少的一部分。保罗认为，基督若没有复活，就失去了信徒复活的保障，也失去了福音的内容。所谓灵魂的复活，或精神不死的空洞口号，乃是与圣经的见证相抵触的。耶稣在复活后亲自向门徒显现，并且对多马说: 「伸过你的指头来，摸我的手，伸出你的手来，探入我的肋旁」（约廿: 27）。
C、信徒成圣
重生乃是指人整个的重生。虽然信徒在世界上仍旧带着败坏的身体，但是一个得救的人，他的身体已经成为圣灵居住的殿（林前六: 19），而且作为服侍神的器具（罗六: 13，19下，22）。因此信徒追求成圣，绝不是藉着苦待肉体，将之视作犯罪的根源，反而应当利用身体，达到成圣的目的（罗十二: 1一2）。
D、完全成圣
另一方面，身体虽然不是使人堕落的原因，也不是罪恶的根源，但是却因人的犯罪而败坏了。一个重生得救的人，在原则上被神称为是义人，但在实际生活上还是常常犯罪，原因之一是由于这败坏的身体尚未得赎（罗七: 24－25; 八: 23）。因此我们必须要避免另一种谬论，认为信徒能在今世达到完全成圣的地步。这种错谬的见解，往往引致自满自傲的罪，并且没有认清罪的严重性（约壹一: 8－10）。
E、最后审判
最后的审判，乃是根据人在世上之时所行的事，而不是根据人在身体之外所作的。人的命运，是决定于他在世上的生活，并且罪人也将要复活而受审（林后五: 10; 来九: 27; 启廿: 11－14）。
人除了身体之外，尚有属灵的部分，称为灵魂。有些解经家认为，灵和魂为两种不同的素质，而另些神学家则相信，灵和魂是两个不同的名辞，但是指同一种素质。前者的见解称为三元论，而后者的观念则是二元论。
在研究本题之前，应当注意一件事，即中文国语圣经译本对心理上名辞之翻译，非但毫不一致，而且极其紊乱，不能作为论证的依据。一个较妥当的办法是参考英文圣经译本，查看各段经文的原文用词，以分辨「灵」，「魂」，「心」等心理上的名辞。
三元论对人的结构之观念，并不是完全一致的。一般而言，他们认为，人的身体为属体部分，人的魂为生命之元素，相同于一般动物之魂，而人的灵则是理性及宗教意识等的所在地。灵为最高超的部分，魂的地位是介乎灵与体之间，体则是最低的部分。三元论派所持的理由如下:
①希伯来书四: 12及帖撒罗尼迦前书五: 23指出，人具有灵、魂、体三部分。
「神的道是活泼的，是有功效的，比一切两刃的剑更快，甚至魂与灵，骨节与骨髓，都能刺入剖开，连心中的思念和主意，都能辨明。」
「愿赐平安的神，亲自使你们全然成圣; 又愿你们的灵、与魂、与身子，得蒙保守，在我主耶稣基督降临的时候，完全无可指摘。」
②人既是按照神的形像所造的，而神乃是三位一体的，这似乎暗示人也是三元性的。
③一般动物都有魂，魂是动物的生命力。而人则除了生命力外，尚有理性及灵性之表现，且能与神有灵交，故是有灵的。
（注: 传道书三: 21中译文译作: 「谁知道人的灵是往上升，兽的魂是下入地呢。」原文为「灵1」。）
④创世记二: 7记载人的受造时，提到三种素质。「耶和华神用地上的尘土造人，将生气吹在他鼻孔里，他就成了有灵的活人。」
（注: 原文直译应作「他就成了活的魂」。）
二元论者相信，人的结构在基本上是二元性的，即包括身体和灵魂。他们认为，在论到人的结构时，「灵」与「魂」往往是两个通用的名词。这种见解的理由列举如下:
①圣经中不但提到灵和魂，也提到心，性，意等名词。若要坚持每一个名称必须代表一种素质，则人的结构将要包含六七种。
②许多经文都证明，灵和魂是两个通用的名词“兹举数例于后:
（一）人有时被称为包含灵与体，而有时则被称为包含魂与体。显见灵和魂是两个通用的名词（林前七: 34; 杂二: 26; 太十: 28）。
（二）论到人的死，圣经有时称之为「灵离开了」，而有时则称之为「魂离开了」 徒七: 59; 路八: 55。创卅五: 18; 王上十七: 21、22）。圣经有时称那些已经离开世界的信徒为灵，有时则为魂（来十二: 23。启六: 9; 廿: 4）。耶稣基督为罪人舍身之事，也是用灵和魂两个名词交互而论的（约十九: 30; 约十: 15）。
（三）圣经在描述人与神的灵交时，也是以灵和魂为通用的名辞。此点特别否定了三元论之以灵为人与神交通之部的说法。
马利亚的颂赞: 「我心（直译应作「魂」）尊主为大，我灵以神我的救主为乐」（路一: 46－47）。此处，马利亚显然是指她的灵魂尊主为大，且以她的神为乐（参赛廿六: 9）。大卫更单独应用「魂」为他对神的颂赞。他说: 「我的心哪（直译应作「魂」），你要称颂耶和华; 凡在我里面的，也要称颂他的圣名」（诗一○三: 1; 参诗一三○: 5－6）。
（四）基督为人的罪而忧伤。这忧伤有时称为灵的忧伤，有时称为魂的忧伤（可八: 12; 太廿六: 38; 参徒十七: 16; 彼后二: 8）。
（五）灵性的增长往往以「魂」字来代表的（徒十四: 22; 雅一: 21; 弗六: 6，「直译」; 西三: 23「直译」）。
主耶稣教训人说，最大的诫命乃是: 「你要尽心，尽性（直译应作「魂」），尽意，尽力，爱主你的神」（可十二: 30）「耶稣显然是指，人应当全心全身地爱神，然而，在他的这句话中，却并没有提到人应当以他的「灵」来爱神。
①三元论者称罪人为一个有魂的人，称重生的人（特别是一个虔诚的人）为一个有灵（和魂）的人，因为他们声称，人在犯罪后，他的灵就失去了功效，与神隔离，直到重生得救后才恢复活动。然而圣经并无此种划分。人确是因犯罪而败坏了，影响及全身（林后七: 1; 雅四: 5）。一个重生得救的人，并非是重新受到他自己的灵的管辖，而是受到圣灵的管辖（林前六: 19; 罗八: 9）。
②三元论者认为，基督徒成圣的进展，是在于让他的灵逐渐地增强对他的魂和体的控制，因此引成一种属灵之骄傲的态度，而忽视了信徒的成圣，是藉着神的灵之运行和控制（腓二: 12－13）。
③三元论者往往认为，人的犯罪是由于他的魂控制他本身的灵所致。因此偏重于以魂的反叛为犯罪的根源。而圣经则指责整个的人，或称人的心（创六: 5; 那十七: 9）。
④三元论对「灵」和「魂」所作的区别，是与圣经的见证相冲突的。此点可自前面所举的例子上得到证实。
有两节圣经似乎是支持三元论的见解，即帖前五: 23及来四: 12。关于「帖前」的经文，保罗的目的是要强调，整个的人得蒙神的保守。若要坚持这段经文证明人是由灵、魂、体，组合而成的，那末他们也必须要承认，耶稣所称的诫命总结上包括心、魂、意、力（体）四个不同的部分了（可十二: 30），因为耶稣在该段经文中，也是强调整个的人应当爱神之原则。
论到希伯来书四: 12的经文，我们应当注意下列各点:
①该处不但提到魂与灵，也提到心以及心中的思念和主意。魂与灵若是人内两种不同的元素，那末「心」岂非也应当被列为是一种元素吗？如此，三元论应当改作四元论了。
②灵与魂是代表人内心的深处，正如骨节与骨髓是代表人体的深处。骨节与骨髓显然不是代表人的身体。骨髓只是包含在骨内的一种素质，而骨节乃是指骨与骨连接之处。希伯来书著者很可能提到灵与魂，以便和骨节与骨髓成一（两与两之）对比。而且事实上，圣经中常常应用灵与魂两个名辞的。本节的重点是要指出，神的道极其有力，甚至能剌透人的最深入之处，最难接触的部分。而灵与魂，骨节与骨髓只是举例为证而已。
我们必须记得，解经的一个基本原则乃是「以经解经」。圣经中极大多数之经文，既然是以灵与魂为通用的名辞，而帖撒罗尼迦后书及希伯来书中的两节经文，又并非必须按三元论来解释，二元论显然是合乎圣经的教训。但是我们再一次申明，人之为人，包含; 灵和身体，而且我们无法硬性地把它们拆开分解。
关于人的灵魂之来源，一般而言，有三种论说，即先存论，承接论，及创造论。
A、先存论
根据此种论说，人在未出世之前，他的灵魂早已单独存在，而且它影响到一个人在世上的景况。灵魂进入身体而生出于世上被视为一种惩罚，因此凡人都带着罪恶进入世界。这种论说显然是与圣经的教训相背的。
B、承接论
承接论者认为，人的灵魂犹如他的身体，乃是从父母承接继传而来。他们的理由可以分述如下:
①当神造人的时候，圣经只有记载他将生气吹入亚当的鼻孔，并未提起他也将生气吹入夏娃的鼻孔。而且保罗称说，夏娃是出自亚当（林前十一: 8）。由此推论，亚当之后裔的生命，也必然是承接袭来的。
②动物的繁殖并不限于身体。它们的生命显然是承袭而得的。
③子女往往承袭父母的品格及性情等特征。这似乎证明，子女不但从父母得到身体，也得到灵魂。
④人类本性的败坏，也似乎证实承袭论，即亚当本性的败坏，遗传给他的后裔，而且世世相系。（注: 承系论者通常相信「原罪实存论」的。）
承系论面对的最大困难，是在于如何解释基督无罪的人性。如果人的灵魂是从父母承袭而来的，并且如果全人类都是实存于亚当的生命内，那末耶稣的人性，也将无可避免地成为有罪的了。
此外，根据承系论，子女的灵魂是由父母之处承袭而来，而且认为是由父母的灵魂中分裂而得的，那末人的灵魂将会因繁殖而分裂。但是圣经中从未有此种教训或暗示。虽然动物的灵魂似乎和身体同是承袭而得的，但是动物的灵魂却和人的灵魂有极大的区别。其中一个主要的区别即是，人的灵魂自开始后将是永远继续存在的，而动物的魂则是暂时的（传三: 21）。
再者，假使一个人的罪，及因罪而得的惩罚，是因为他在亚当的生命中已经存在，而且他的败坏的灵魂，是代代相传承袭而来的，那末他不但须要担当亚当第一次的犯罪，也须要担当亚当一生中所有的罪，以及其他祖先在世时的一切罪过。然而保罗明白指出，世人因亚当一人一次所犯的罪，都成为罪人。原罪是指亚当第一次的罪，而并不包括亚当一生中其它的罪过（罗五: 12，19）。
C、创造论
历代基督教会的主流，是以创造论为合乎圣经的教训。创造论相信，人的灵魂是由神直接创造的。灵魂的形成大约是在开始怀胎的期间（参诗五十一: 5; 路一: 44; 加一: 15）。创造论所据的理由如下:
①创世记二章七节明显指出，身体虽是由尘士组成的，而人的灵魂却是由神直接赐与的（传十二: 7; 赛四十二: 5; 亚十二: 1; 来十二: 9）。
②创造论符合圣经对人的灵魂之一般教训，即人的灵魂是个别性的。每一个灵魂是完整的，具有个别的特性及自我的意识，而不是从父母的灵魂分裂而形成的。
③创造论比较满意地解释基督无罪的道理。灵魂既非是自父母之处承袭而来，而是来自神，那末耶稣可以藉着道成肉身，带着人的灵魂和身体，而同时仍是无罪的。